โรงเรียนอัสสัมชัญได้จัดทำหลักสูตรสถานศึกษาโดยยึดตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 เป็นหลักสูตรแกนกลาง และสอดคล้องกับการจัดการเรียนรู้ตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พุทธศักราช 2542
การจัดการศึกษาโดยยึดผู้เรียนเป็นสำคัญ มุ่งเน้นพัฒนาความสามารถและการพัฒนาตนเอง โดยพัฒนาหลักสูตรสถานศึกษาให้มีแผนการเรียนนักเรียนได้เลือกเรียนตามความสามารถและความสนใจ โดยการจัดหลักสูตรระดับมัธยมศึกษาตอนต้น และตอนปลาย ดังนี้

กิจกรรมพัฒนาผู้เรียน เป็นกิจกรรมที่หลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐานได้กำหนดไว้ นอกเหนือจากสาระการเรียนรู้ทั้ง 8 กลุ่ม เพื่อให้ผู้เรียนได้พัฒนาความสามารถของตนเองตามศักยภาพ โดยการข้าร่วมและปฏิบัติกิจกรรมที่เหมาะสมร่วมกับผู้อื่นอย่างมีความสุข ในกิจกรรมที่เลือกด้วยตนเอง ตามความถนัดและความสนใจอย่างแท้จริง
เป้าหมายของกิจกรรมพัฒนาผู้เรียน มุ่งพัฒนาให้ผู้เรียนได้รู้จัก เห็นคุณค่าในตนเองและผู้อื่น มีวุฒิภาวะทางอารมณ์ กระบวนการคิด ทักษะในการดำเนินชีวิตที่เหมาะสมและมีความสุข เกิดจิตสำนึกรับผิดชอบในตนเอง ครอบครัว สังคม และประเทศชาติ

โรงเรียนได้กำหนดวิธีการวัดและประเมินผลการเรียน โดยแบ่งการวัดและประเมินผลออกเป็น 4 ด้าน ดังนี้
1. ด้านผลสัมฤทธิ์ทางการเรียนของทุกกลุ่มสาระการเรียนรู้
2. ด้านการอ่าน คิดวิเคราะห์ และเขียน
3. ด้านคุณลักษณะอันพึงประสงค์
4. ด้านกิจกรรมพัฒนาผู้เรียน

โรงเรียนอัสสัมชัญมีนโยบายส่งเสริมนักเรียนที่มีความขยันหมั่นเพียรและมีผลการเรียนดี นักเรียนที่มีความสามารถพิเศษทางด้านวิชาการที่ได้รับรางวัลจากการแข่งขันทางวิชาการระดับนานาชาติ นักเรียนที่มีความขยันหมั่นเพียร และมีความสามารถพิเศษในด้านต่าง ๆ และสามารถสร้างชื่อเสียงให้กับโรงเรียน

เกณฑ์การพิจารณามอบรางวัลเรียนดี

โรงเรียนอัสสัมชัญ ได้ประสานความร่วมมือ กับหน่วยงานต่าง ๆ จากภายนอก ทั้งสถาบันการศึกษา หน่วยงานด้านการศึกษา ฯลฯ ที่จะนำมาพัฒนาการเรียนการสอน และเป็นประโยชน์กับนักเรียน ครู โรงเรียนอัสสัมชัญ ผ่านบันทึกความร่วมมือทางด้านการศึกษา (Memorandum Of Understanding) ประกอบด้วยรายละเอียดดังนี้

โปรแกรมภาษาอังกฤษ เป็นหลักสูตรทางเลือกสำหรับนักเรียนที่ต้องการเพิ่มพูนทักษะภาษาอังกฤษควบคู่ไปกับทักษะความรู้ทางวิชาการ โรงเรียนอัสสัมชัญเปิดหลักสูตร English Program : EP ตั้งแต่ปีการศึกษา 2545 การจัดการเรียนสอนยึดตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พุทธศักราช 2551 นักเรียนเรียนเป็นภาษาอังกฤษกับครูเจ้าของภาษาในรายวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี คณิตศาสตร์ ภาษาอังกฤษ คอมพิวเตอร์ การงานอาชีพ สุขศึกษา และพลศึกษา ทั้งรายวิชาพื้นฐานและเพิ่มเติม ในแต่ละห้องเรียน มีนักเรียนไม่เกิน 25 คน หนังสือเรียนนำเข้าจากต่างประเทศ โดยคัดเลือกให้เหมาะสมกับเนื้อหาที่เรียน เมื่อจบหลักสูตรนักเรียนจะได้รับวุฒิการศึกษาในระดับมัธยมศึกษาตามระเบียบของกระทรวงศึกษาธิการ ประเทศไทย และจะได้รับการสร้างพื้นฐานที่ดีในการศึกษาต่อมหาวิทยาลัยต่างประเทศ และหลักสูตรนานาชาติของมหาวิทยาลัยในประเทศไทย เป็นการเตรียมความพร้อมผู้เรียนสู่ระดับนานาชาติ